晋太康三年（282）置同安县，属晋安郡（？南安郡？），后并入南安县。唐贞元十九年（803）析南安县西南4乡置大同场，五代后唐长兴四年（933）升为同安县，属泉州。宋属清源军、平海军、泉州。元属泉州路。明属泉州府。
　　厦门市思明区、海沧区、湖里区、集美区4个区在唐开元二十年（732）称新城，大中元年（847）设嘉禾里，属同安县。元至元十六年（1279）置嘉禾千户所，洪武二十年（1387）始筑厦门城。明洪武二十七年（1394）厦门城建成，置中左守御千户所。清顺治七年（1650）郑成功驻兵厦门，于十二年（1655）改厦门为思明州，康熙十九年（1680）废，复名厦门，属同安县，二十三年（1684）设台厦兵备道，道尹驻台湾府治（雍正六年即1728年台湾府改为台湾道），二十五年（1686）以泉州府同知分防设厅。雍正五年（1727）兴泉道（后为兴泉永道）自泉州移驻厦门。
　　民国元年（1912）4月析同安县嘉禾里（厦门）及金门、大小嶝置思明县，9月升思明府，旋废。1915年分出金门、大小嶝设金门县。1912年置南路道（1914年改名厦门道，1925年废）。1933年“中华共和国人民革命政府”（即“福建人民政府”）设厦门特别市，旋废。1934年同安、思明县属第五行政督察区（驻同安），1935年4月以厦门及鼓浪屿等7个岛屿设厦门市，撤销思明县设禾山特种区，与同安县同属第四行政督察区（驻同安），1938年5月至1945年9月沦陷，10月恢复厦门市建制，设中心（后改思明）、开元、鼓浪屿、禾山4区。
　　1949年9月、10月17日同安县、厦门市解放，同安县属第五专区（1950年改泉州专区、晋江专区），厦门为省辖市，1950年10月厦门市设开元、思明、鼓浪屿、厦港（后废）、禾山5区。1953年同安县集美镇归厦门市辖，1958年1月撤禾山区，改设郊区，8月同安县由晋江专区划属厦门市。[注：也有说1950年3月撤销厦港区，1957年5月置厦门郊区。待查。]
　　1966年8月开元、思明区更名东风、向阳区（1979年10月复原名），1970年2月同安县划属晋江专区（地区），1973年6月再归厦门市。1978年9月设杏林区。1987年8月增设湖里区，郊区改名集美区。1991年12月，经福建省民政厅批准，厦门市农村11个乡，全部改为镇建制。国务院1996年11月20日批准，撤销同安县，设立厦门市同安区。次年5月1日，正式挂牌。
　
　　国务院2003年4月26日批准（国函[2003]52号）调整厦门市部分行政区划：

（1）撤销厦门市鼓浪屿区和开元区，将其行政区域划归厦门市思明区管辖。思明区人民政府驻民族路。

（2）将厦门市杏林区的杏林街道办事处和杏林镇划归厦门市集美区管辖。集美区人民政府驻银江路。

（3）杏林区更名为海沧区。区人民政府驻地由杏林南路29号迁至海沧镇。

（4）设立厦门市翔安区，将厦门市同安区所辖新店、新圩、马巷、内厝、大嶝5个镇划归翔安区管辖。区人民政府驻新店镇。　　

　　行政区划调整前：开元区面积51平方千米，人口30万，邮政编码361003。鼓浪屿区面积2平方千米，人口2万，邮政编码361002。思明区面积19平方千米，人口11万，邮政编码361001。杏林区面积219平方千米，人口14万，邮政编码361022。集美区面积238平方千米，人口10万。同安区面积1048平方千米，人口55万。
　
2000年辖7区，18街道、17镇。2003年辖6区，19街道、17镇。